高温矩形非金属补偿器的结构主要由两部分组成:内部填充物和外部保护层。内部填充物通常采用多层不同材料薄板叠加而成，以达到更好的弹性和扭曲能力。外部保护层则是为了保护内部填充物不受到机械损伤或腐蚀等影响，通常会采用耐高温材料制成。
高温矩形非金属补偿器的工作原理主要是利用填充物的柔性和弹性来进行补偿变形。当机械设备在高温环境下运行时，由于受到热胀冷缩等因素的影响，会产生一定的变形。而高温矩形非金属补偿器可以通过其内部填充物的扭曲和弹性变形来进行补偿，从而减小或消除机械设备因变形带来的负面影响。